במסגרת "שובר גלים" פעלו גם הלילה לוחמי צה"ל, מג"ב ושב"כ בג׳נין שבמרחב החטיבה המרחבית מנשה.
כוחות הביטחון עצרו הלילה 18 מבוקשים, מהם שלושה מבוקשים בג'נין המעורבים בפעילות טרור. במהלך הפעילות, חשודים השליכו מטענים וירו ירי מסיבי לעבר הלוחמים, זרקו מטעני חבלה ובקבוקי תבערה ממוקדים שונים, בין השאר מגגות הבתים. הלוחמים ירו לעבר חמושים שזוהו באזור. אין נפגעים לכוחותינו.
בתום תחקור ראשוני של צה"ל, נמצא שאכן קיימת סבירות גבוהה שהנערה שנהרגה, נפגעה מירי בשוגג שבוצע לעבר חמושים על גג באזור ממנו בוצע ירי על הכוח. כפי הנראה, הנערה שנהרגה היתה על גג אחד הבתים בקרבת החמושים.
הטענה כי כוחות הביטחון ירו לעבר בלתי מעורבים באופן מכוון הינה מופרכת וחסרת בסיס.
מדובר צה"ל נמסר כי "כוחות הביטחון ימשיכו לתחקר ולפעול לבירור נסיבות האירוע. צה״ל ומפקדיו מצרים על כל פגיעה בבלתי מעורבים, גם כאלו המצויים בסביבת קרב ובחילופי האש בקרבת המחבלים החמושים. כוחות הביטחון ימשיכו לפעול לסיכול טרור בכל מקום שיידרש תוך מאמץ להימנע מפגיעה בבלתי מעורבים."
מיש דין נמסר בתגובה לממצאי התחקיר הצבאי הראשוני בנוגע לירי בת ה16 בג׳נין: ״יש ללמוד לקח מהמקרה של העיתונאית שירין אבו עאקלה. במקרים רבים ישראל מסרבת לחקור באופן אמיתי מקרי ירי בגדה המערבית. תחקיר צבאי איננו מספיק, יש לפתוח מיד בחקירה פלילית שתקבע את נסיבות מותה של הנערה.״
