ראש הממשלה, נפתלי בנט, התייחס לדיווח בעניין השימוש בתוכנת פגסוס:
"הדברים שהתפרסמו, אם הם נכונים, חמורים מאוד. הכלי הזה (פגסוס), וכלים דומים, הם כלים חשובים מאוד במאבק נגד הטרור וגם במאבק נגד פשיעה חמורה, אבל הם לא נועדו ל"פישינג" רחב בקרב אזרחי ישראל או בקרב אנשי ציבור במדינת ישראל, ולכן אנחנו צריכים להבין בדיוק מה קרה.
כרגע המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, עו"ד עמית מררי, בודקת ברמה נקודתית ומהירה את הדברים. בעוד זמן קצר הממשלה תמנה גם יועמ"שית חדשה, והייתי אומר שזה יתרון שהיא לא מתוך המערכת. היא לא הייתה בשנים המדוברות בתוך המערכת, ולכן אני מניח שאחרי שהיא תתמנה נשב ונתייעץ, נבין איך התמונה נראית ולא נשאיר את הציבור בלי מענה. אנחנו מבינים את חומרת העניין.
כמו שאמרתי, לא נותיר את זה בלי מענה. קרו פה לכאורה דברים חמורים מאוד. נחכה עוד כמה שעות, נתייעץ עם השרים המדוברים ועם היועמ"שית החדשה".
השר לביטחון הפנים, עמר בר-לב, אמר: "החלטתי להקים ועדת בדיקה ממשלתית שתחקור לעומק את הפגיעה בזכויות האזרחים ובפרטיותם בשנים המדוברות".
השר הוסיף, "מתוך העדויות העולות, מסתמן שהכשלים, באם היו, היו תחת מפכ״לים קודמים, תחת שרים לביטחון פנים קודמים ותחת ממשלות קודמות. אני מישיר מבט אליכם, אזרחי ישראל ומתחייב לכם – ועדת הבדיקה תבדוק לעומק ולרוחב את כל הטענות. במשמרת שלי המחדלים הללו לא יקרו – המשטרה נמצאת תחת האחריות שלי ובסמכות שלי ואני אוודא שאם הייתה פגיעה בדמוקרטיה שקרתה בשנים הקודמות, אוקיע אותה ולא אתן לה לקרות".
השר בר-לב סיכם, "ועדת הבדיקה הממשלתית שאני מקים לסוגיית השימוש בטכנולוגיות המעקב על ידי כלל גופי מערכת אכיפת החוק, תהיה בראשות שופט בדימוס, אבקש משר המשפטים להביא לאישור הממשלה הצעת החלטה להקמת ועדת בדיקה ממשלתית לה יוקנו הסמכויות העיקריות של ועדת חקירה ממלכתית לעניין זימון עדים, חקירתם באזהרה ותפיסת מסמכים. תהא רמת בכירותם של המזומנים באותם ימים אשר תהא – מהדרג המדיני, ממערכת המשפט, או ממשטרת ישראל".