מיד לאחר היוודע דבר בריחתם של האסירים הנחתה נציבת בתי הסוהר על ניוד כלל האסירים באגף ופיזורם בין בתי הסוהר הביטחוניים במחוזות מרכז ודרום. על פי החלטת הנציבה האסירים לא ישובו למחוז הצפוני בשב"ס.
כמו כן, החליטה הנציבה על עיבוי מעגלי האבטחה מבצע חיפושים ברמת פינוי תאים ואגפים תגבור אגפים בסוהרים שבירת שגרה ונעילת תאי האסירים הביטחוניים במהלך היום כולו ומבצע הניודים שמטרתו פיזור מוקדי הכח והפרדת כלל אסירי הג'יהאד האסלאמי המוחזקים בשב"ס, עד כה פוזרו כ-300 אסירי גיהאד.
עוד הנחתה הנציבה על מתן קשב ומענה לצרכים בכלל מתקני הכליאה שמנהל השב"ס.
במהלך יישום התכנית נתקלו סוהרי שב"ס במספר הפרות סדר והצתות אשר טופלו מיידית תוך השגת שליטה מיידית על האירועים.
עם צאת החג פרסמה נציבת בתי הסוהר אגרת לסוהרות והסוהרים המתייחסת לאירוע הבריחה בגלבוע ולהשלכותיו. לצד ההכרה בכובד משקל האירוע מחזקת הנציבה את רוחם של סוהרי הארגון המשרתים את המדינה במקצועיות ומתוך תחושת שליחות והבנה כי הארגון נמצא בשגרת חירום.
מדוברות שב"ס נמסר כי "ימשיכו לפעול בנחישות לסיום המשימה ולממש את ריבונותו במתקני הכליאה כולם."
